海滩镇剧情：
回到现代后，主角一顿伤感，发誓要找到唤醒雪拉比的方法（这不是爱情电影的标准前置剧情吗？编剧，还是那句话，你就坑吧—。—）。把右面的树砍掉，进入幻岛。首次到幻岛，主角觉得很熟悉，但是突然头疼，就传送到了海滩镇（说传送就传送啊，编剧，你就坑吧—。—）。到了海滩镇看到君莎、乔伊和三只口袋妖怪，过去了解情况结果昏了过去。在脑海中，一个声音和主角对话起来，说是直到船长在哪里，胖丁的声音突然插进来告诉主角他们就是捣蛋的口袋妖怪，选择相信他们继续剧情。醒来后在精灵中心里，自己身上有张纸条，纸条上让主角去原野村的图书馆找他们。向右走来到原野村。
原野村剧情：
来到原野村，进入有“LAB”字样的图书馆，和馆长对话选第一个选项可以花500元买一个画画犬，只能买一次。往上走看到素利普和蛋蛋，再往里走遇到他们的老大森林蜥蜴，和森林蜥蜴对话得知船长是被一个孩子带走的，然后就消失了。有闲心的人可以看看一楼左上角的书，肯定把你雷到爆—。—。出了图书馆，到道馆里去，发现有朵花挡路，调查花后被花香迷晕，被人关了起来。
金水市火箭队剧情：
醒来后发现是在地下室里，旁边的电脑上有R的标志，确定是火箭队的地下室。往下走碰到三人组之素利普，对话后素利普攻过来，进入战斗，打赢以后素利普却说是小飞背叛了他们。往左走破除电流，可是道路好像被固定了，只能往一个方向走。走到头后碰到一群素利普，森林蜥蜴突然出现打败了所有的素利普后又消失了。开口处从左往右数第四个地板上的屏障会消失，向下走上楼梯来到火箭队总部1F，可是所有往上走的路都被封死了，没办法只好从出口出来，却发现外面是金水市。于是想到去道馆看看情妇风石啊！错了，是馆主风石有没有事。进了道馆，和风石对话后风石被抓走（靠！主角难道比柯南还柯南吗！？）。向上走进入金水北森林，走到尽头进入飞鹰镇。
飞鹰镇绕圈大坑—。—剧情：
进入飞鹰镇后，先去左下角的屋子里帮男人找种子。道馆周围是水，没有冲浪术所以进不去。往左走进入飞鹰左森林，往下走到废弃研究所里，一进去门就被反锁了，随便找一个地上散落的文件夹了解一下反转世界的研究，往上走看到一台没电所以没办法启动的电脑。不管它，继续往前走，却看到了一个研究员的鬼魂！？鬼魂消失后继续往前走，却发现原本没电的电脑开了（好吧，这段是我做的，不过还是得说，你就坑吧—。—）……调查电脑，出来两只妙蛙花，打赢以后下楼。两个黑影跟在主角身后不知道在干什么……下楼来到地下基地，调查电脑得知反转世界的入口是冰箱（这段不是我做的了，所以我要说，你就坑吧—。—）！？调查下面的冰箱（胆子小者调查前请关闭音响……具体音效自己体会吧……别被突然一下吓到就可以了），进入未知区域，却发现这里是水底，进入前方的洞穴，连赢4场出洞（终于出来了—。—）。出洞后发现是正常世界，旁边出来一只纽拉（还可能是胖丁），然后纽拉（或胖丁）将主角传回吊桥上。这时，那两个猥琐流尾随者又出来打酱油了—。—。不管他们，回飞鹰镇把种子换成水壶，然后回到飞鹰左森林，往上走看到经典胡说树挡路—。—，拿水壶喷一下，胡说树拔地而起，抓了玩玩（话说真难抓啊—。—），向上来到飞鹰北森林。一进去看到大甲在欺负乘龙，上前结果了它，带走乘龙。从左上角进入雨烟镇。进入右上角的水族馆，让馆长给乘龙治疗，治疗完以后馆主带走乘龙并教给主角冲浪。绕一圈回到飞鹰镇，进入道馆（那根大柱子），慢慢摸过漆黑一片的飞鹰隧道，摸进飞鹰道馆前厅，调查X8Y3进行对战，获得密码，在X5Y4处输入密码，继续往前摸进飞鹰道馆漂浮群岛，按照左右上上左的顺序走，最后进入飞鹰道馆外，弹出提示：先行版剧情游戏暂时告一段落，然后进入飞鹰道馆挑战，连续碾压四人后传送至道馆中心，进行和馆主的对决，LV25姆克鸟+LV25青绵鸟+LV25比比鸟+LV40七夕青鸟，因为有之前废弃研究所的三场坑爹大对决，所以这个道馆战为碾压模式。打赢以后获得第三个徽章——缎带徽章，馆主把主角传送回道馆入口。
PS：大家知道哪里坑吗？就是废弃研究所未知区域那几个怪，连赢三场巨难，因为怪全是LV41的……简直就是坑爹坑得铿锵有力啊—。—|||，不发现BUG的话基本都会卡在那里。
雨烟镇不完全剧情：
打完飞鹰道馆后再绕回雨烟镇，道馆还是进不去。在城镇下方冲浪来到宁静海，往下走看到一个小盒子，调查可以获得日记和负电拍拍，可以无限获得……未完待续……
隐藏剧情：
先收集材料，在飞鹰镇糖果制作中心制作一个甜味能量方块，去飞鹰镇左上方的房子里，把甜味能量方块喂给墨海马，然后找墨海马旁边的训练师学习攀瀑（因为能量方块的材料暂时无法获得，所以这个剧情为隐藏剧情—。—）。
BUG统计：
1.可以无限获得同样的口袋妖怪;
2.可以通过叠加同样的口袋妖怪迅速升级;
3.有时候抓到的口袋妖怪和放出来的口袋妖怪不一样;
4.金水市对手有可能打不了;
5.小电狮（暂时发现这个）升到16J进化后直接变成30J，在进化会直接变成59J，但是一收起来就会连精灵球一起消失;
6.宠物村技能机用完之后技能不增加，反而减一个精灵球;
7.金水市火箭队剧情后再回到草绿镇后进不去草绿森林;
8.二楼通信出现写的是一只口袋妖怪，通信的是另一只口袋妖怪的情况;
9.宁静海小盒子里的日记和负电拍拍可以无限获得;
10.进入飞鹰道馆前厅还是全屏黑，因为暂时没有地方学闪光术导致打前厅的训练师得密码的时候只好摸黑打;
11.浅水镇船上的柜子、城镇房间里的圆形镜子、一号道路右上角的小湖可以直接穿透;
12.小鸭嘴龙能力超强并且无法进化;
13.学习力无限增加（根据以前玩的精灵类游戏，学习力满510）;
14.普通系技能超强（如：熊宝宝→圈圈熊，再结合上一条，无敌—。—）;
15.风华悬崖谷底·过去的剧情混到了一起，白天进行了部分晚上的剧情，晚上那段剧情就进行不了了;
16.有部分口袋妖怪的技能没有动画;
17.飞鹰镇的能量方块无法得知需要材料，也无法得到需要的材料;
18.水下还是雨天（什么概念—。—），有时候进入某些建筑里也是雨天，从里面不是雨天的建筑里出来之后外面会变成晴天，从建筑里出来后原先的黑天会变成白天;
19.精灵进化后安在精灵身上的装备（性格）会消失而且没有关于这方面的提示;
20.秘密基地里的东西都没用，如果装修基地的话菜单会无法打开。