经历了许多磨难的尼尔斯回到了家乡，但爸爸却想把家鹅杀了，但尼尔斯说：“他是我的朋友，我怎么忍心眼睁睁地看着它死去呢？”高兴的小妖精把变得善良的尼尔斯变回了人形。

　　终于变回人形的尼尔斯和父母过上了幸福的生活。

　　有一天，我们的小主人公尼克斯在看书时不知不觉睡着了，当他醒来时，发现自己变成了拇指大的小人。他这时想起了妈妈讲的小狐仙的故事。他决定去找小狐仙讲理，把他变回原来的样子。

　　听妈妈说小狐仙常在在牛棚里，于是便去牛棚里找小狐仙，也从此踏上了他的另一个神奇的旅途。他在找小狐仙的路上遇见过鸡，鹅，麻雀，牛还有猫，因为他之前对牲畜家禽都不好，所以引来了家禽的嘲讽和谩骂。他难过的爬到了院子里的厚石墙上，任何事物也引不起他的乐趣。他发现一只大雄鹅要飞走的时候，他为父母着想，如果大雄鹅飞走了，父母从教堂回来会很难过的。所以趁雄鹅要起飞的时候，他跳到了雄鹅的背上，一起跟着大雁门飞向其他的地方。

　　当一只叫阿卡的大鹅带领大雁停留在冰湖上时，他们发现了在大雄鹅身上的尼尔斯。立时变得警惕起来，经过大雄鹅的解释，阿卡才慢慢的相信了尼尔斯。当他们的同伴被一只叫斯密尔的狐狸抓走时，尼尔斯挺身相救，然而大雁也救了尼尔斯。阿卡才渐渐地对尼尔斯产生了好感。它们在飞行的路上困难重重：狐狸的追击，拯救大白鹅，保卫格里敏大楼，同伴被杀，前往厄兰岛时遭遇大海风，救助小灰雁这一段段艰辛的旅程，让尼尔斯也变得成熟起来，他不再莽撞也不再调皮。只是以更加的懂事。为雁群做出过许多事，三番五次地保护了雁群。

　　他们遇见了许多神奇的事，还有那些令人不可思议的结果。尼尔斯对雁群渐渐产生了情感，同时会为雁群着想。最后的尼尔斯回到了他的家乡，正想与大雁告别，其他的大雁都飞了过来，用嘴在他的身上摩来擦去，在他身边挤来挤去。告完别后，男孩和大雁分道扬镳，尼尔斯含情脉脉地送他们远去。似乎希望能够再一次变成拇指大的小人，再一次跟随着雁群飞过陆地和海洋。

　　有一个孩子，叫尼尔斯，他欺负动物都是家常事了，所以家里的动物都很讨厌他。

　　一天，他捉弄一位小精灵，却变成了一个十厘米大的小人儿，当他在遇见那些被他欺负的小动物时，动物对他不是嘲笑就是威胁，随后他被一只鹅带上了蓝天。

　　开始，阿卡伊因为尼尔斯是人而不喜欢尼尔斯，但后来尼尔斯救了一只大雁，让阿卡对他有了好感，答应他和大雁一起去目的地。

　　在去目的地的途中，他们一起经历了很多的事情，比如：抵挡狐狸斯密莱、参加鹤之舞大会、差点被一户人家抓到、解决吃食问题……但是都被尼尔斯一一解决。

　　在经历过很多事之后，他们到达了目的地，但尼尔斯想家了，想自己的父母了，想找到小精灵，让他给自己变回人形，雁群也准备送尼尔斯回家。

　　过了一段时间，尼尔斯回到了家里，却听到父母准备把莫顿与郑芬杀掉换钱，尼尔斯出来救了他们，但此时此刻，他也变回了人形，最后尼尔斯向雁群别。

　　从前，有个顽皮捣蛋的男孩尼尔斯独自坐在家中看书，发现了突然出现的小狐仙后，给了小狐仙一个恶作剧，结果被小狐仙施了魔法，变成了一个拇指大的小人，还能听懂动物的语言。随后，他想找小狐仙道歉，让自己变回原来的模样，便向家里的动物寻求帮助。可是因为尼尔斯以前经常欺负他们，所以动物们都幸灾乐祸，不愿意帮助他。后来他为了不让雄鹅和大雁们一起飞走，便扒住了雄鹅，可谁知自己也被雄鹅带得飞上了天空。

　　听说50，后来大爷们发现了尼尔斯，并要求尼尔斯马上离开。好在雄鹅莫顿帮他求情。因此，尼尔斯很不爽。后来，狐狸捉住了一只大雁。你而是为了证明自己，便用尽全力追上狐狸，救出了大雁，并将狐狸耍得团团转，获得了大雁们的认可。随后尼尔斯还帮助灰老鼠守住了家园，深受动物们的信任和喜爱。

　　后来，大雁门偶遇山羊，山羊向大雁们诉说了当前的困境：在晚上，有的时候讨厌的狐狸会来骚扰他们。后来，在尼尔斯的帮助下，雄山羊狠狠教训了可恶的狐狸。接着，大雁们继续飞行，在一个叫索耐尔布的地方，尼尔斯被一群残暴的乌鸦抓了。原来，这都是那只狐狸斯米尔搞的鬼。但是尼尔斯没有屈服，他以迅雷不及掩耳的速度杀死了乌鸦头领。其他的乌鸦正要攻击尼尔斯，你钥匙打开了，装着金币的罐子，把其他乌鸦都吸引了，才得以脱身。再后来，尼尔斯不小心落入熊掌，险些死掉。后来在跟公熊谈判的时候，发现猎人正要向公熊开枪，便赶忙提醒，救了公熊一命。

　　后来，米尔斯回到了大雁群中继续向北飞。途中，雁群头领阿卡收养了一个悲惨的小雕高而果。渐渐地，高二果已经把自己当成了一只大雁。后来因为其他动物的嘲笑，高尔果非常气愤的离开了雁群。但没多久，高尔果被关进了公园的笼子里，恰巧尼尔斯也在那个公园。后来，用了几天几夜的时间，尼尔斯弄断了笼子，将高儿果救了出来。高尔夫重获自由后，将尼尔斯送回到了雁群中。

　　可惜，光阴似箭，到了大雁门往回飞的时间了。尼尔斯和熊二也回到了家中。米尔斯的父母发现莫顿回来了，刚好节日也快到了，说要将莫顿拿去杀了。你也是为了救下自己的伙伴，不顾自己还是这副怪样子就冲出去。不过爸爸妈妈一眼就认出了尼尔斯，原来尼尔斯恢复了原样！在此之后，尼尔斯跑去海边，向大雁门告别。